Как учесть доход наличными и поступления в других банках?

Если у тебя АУСН, когда будешь пополнять счёт наличными, то разметь платёж соответствующей категорией.

Поступления в других банках автоматически отправятся в ФНС, они это учтут. Дополнительно ничего делать не надо.